真菌菌絲的總RNA的提取
試劑:
RNA 提取緩沖液(CTAB):2% CTAB(W/V),2% 聚乙烯吡咯烷酮PVP(W/V),100 mM Tris-HCl(pH8.0,DEPC處理的水配置),25mM EDTA, 0.5g/L 亞精胺Spermidine,2.0M NaCl,2%巰基乙醇(V/V,使用前加入)。由于在高溫滅菌條件下,Tris-HCl要和DEPC發(fā)生反應(yīng),所以配RNA提取緩沖液時(shí)直接用DEPC 處理的水配制即可。
SSTE:1 M NaCl,0.5% SDS(W/V),10 mM Tris-HCl pH8.0,1.0 mM EDTA
10M LiCl 直接用蒸餾水配10M LiCl,加1‰的DEPC過夜后,高溫滅菌。
3M NaAc
氯仿:異戊醇(24:1)
酚(pH4.5):氯仿:異戊醇(25:24:1)
DEPC處理水 用1‰的DEPC處理蒸餾水過夜,高溫滅菌
無水乙醇
70%酒精
方法
1. 實(shí)驗(yàn)開始前將RNA提取液于65℃水浴鍋中預(yù)熱,離心管中加入ME(巰基乙醇)(10mL加80ul,50mL中加入300ul)。
2.取約0.8g菌絲體(液體培養(yǎng)獲得的菌絲用真空抽濾即可!固體培養(yǎng)就更好說了),在液氮中迅速磨成精細(xì)粉末,裝入50 mL離心管,按1g材料8mL的量加入預(yù)熱的RNA提取液,顛倒混勻。
3. 65℃水浴3-10 min,期間混勻2-3次
4. 加入等體積的酚(注意是酸酚pH4.5):氯仿:異戊醇(25:24:1)抽提(10,000 rpm,4℃,5 min)
5. 取上清,等體積的氯仿:異戊醇(24:1)抽提(10,000 rpm,4℃,5 min)
6. 加入1/4V體積10M LiCl溶液,4℃放置6hr以上(或過夜)
7. 10,000 rpm,4℃離心20 min
8. 棄上清,用500 ulSSTE溶解沉淀
9. 酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)抽提兩次,氯仿:異戊醇(24:1)抽提1次(10,000 rpm,4℃,5 min)
10. 加2V體積的無水乙醇,在-70℃冰箱沉淀30 min以上
11. 12,000 rpm,4℃離心20 min
12. 棄上清。沉淀用70%酒精漂洗一次,干燥
13. 加200 ul的DEPC處理水溶解
14. 用非變性瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計(jì)掃描檢測(cè)RNA的質(zhì)量
(在抽提過程中,若蛋白質(zhì)含量或其它的雜質(zhì)還較多,可以增加抽提次數(shù))
注意:提取RNA請(qǐng)盡量在低溫下操作,如果條件不容許,在室溫下操作的時(shí)間要盡可能的短。
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